ד"ר עינת שושן-רפאלי עוסקת בחינוך והוראה, מומחית בפיתוח תוכניות חינוכיות ופדגוגיות בקרב תלמידים, פרחי הוראה וצוותים חינוכיים. מרצה בפקולטה לחינוך ובחוג לאזרחות ודמוקרטיה במכללת 'אורנים'.
בעלת דוקטורט מאוניברסיטת חיפה בנושא השחיתות השלטונית ברשויות המקומיות בישראל. המחקר האקדמי של ד"ר שושן-רפאלי מתמקד בממשל ופוליטיקה ובחוסן האישי-קהילתי ולאומי בישראל.
מאז תקופת הקורונה ובעת מלחמת 'חרבות ברזל' מתמקדת בחקר החוסן של צוותים חינוכיים בזמן שיגרה וברגעי משבר ומפתחת את תוכנית 'הכשרת שגרירי חוסן במערכת החינוך בישראל'. מרכזת את הפעילות של פורום חינוך בחירום שפועל במסגרת מוסד נאמן.