למשאב המים חשיבות סביבתית וציבורית רבה, הנעוצה, בין השאר, בשימור ובפיתוח של ערכי נוף, בשימור מערכות אקולוגיות, כשטחים פתוחים המשמשים לפעילות נופש ופנאי, כמקורות מים וכעורקי ניקוז. אולם, מקורות אלו נמצאים תחת איום מתמיד כתוצאה מפעולות פיתוח ובנייה, הן במרחב היבשתי והן במרחב הימי, הפיכתם לעורקי ביוב ביתי, תעשייתי וחקלאי, וכן משינויי האקלים וההתמעטות ההדרגתית במשקעים.
מחקרי מוסד שמואל נאמן בוחנים היבטים שונים של תחום המים בישראל, בהם, השלכות המהפכה של מעבר ממשק שנשען על מקורות מים טבעיים למשק שמתבסס ברובו על מים מושבים ומים מותפלים, ממשק מים וחקלאות, שיקום נחלים ויחסי הגומלין בין מים לצורכי ציבור וטבע ומים לצורכי אספקה ליתר המגזרים.
ראו גם פרסומי פורום המים שהוקם במוסד נאמן בשנת 2009 בשיתוף רשות המים ומכון גרנד למחקר המים בטכניון, מסמך סדרי עדיפות לאומית בנושא מצב משק המים, ומחקר בנושא אתגרים לשימושי המים בתעשייה הגלובלית.