המחקר להערכת תכנית ה"מגנטון" נערך במהלך 2008 במימון משותף של מוסד שמואל נאמן ומנהלת מגנ"ט. מטרות המחקר המרכזיות היו לבחון את התפוקות של פרויקט ה"מגנטון" ואת הצלחתו תוך התמקדות במאפייני הפרויקטים, החוקרים וראשי הפרויקטים המשתתפים בהם, לבחון את תהליכי העבודה ושיתוף הפעולה בין המשתתפים בפרויקטים מהאקדמיה ומהתעשייה, ולגבש מסקנות והמלצות אופרטיביות אשר יופנו למקבלי ההחלטות ויאפשרו לאתר את נקודות החוזק והתורפה של התכנית ולשפרה.
בישראל מתבצעות מספר תכניות של המדען הראשי במשרד התעשייה המסחר והתעסוקה (תמ"ת), האמונות על העברת ידע מהאקדמיה לתעשייה. תכנית ה"מגנטון" היא אחת התכניות החשובות והייחודיות של המדען הראשי במשרד התמ"ת, בה מתבצע שת"פ בין קבוצת מחקר אחת מהאקדמיה לבין אחת מהתעשיות.
מוסד שמואל נאמן ערך כבר בשנת 2004, מחקר מקדים בהיקף מצומצם להערכת תכנית ה"מגנטון". המחקר כלל ראיונות ושאלון מחקר עליו השיבו 34 חוקרים מהאקדמיה ו-20 ראשי פרויקטים מהתעשייה. ממצאי המחקר המקדים סוכמו בדוח פנימי של מוסד שמואל נאמן והועברו למר אילן פלד, מנהל תכנית ה"מגנטון". בעקבות המחקר המקדים התבקש מוסד שמואל נאמן, על ידי מנהלת מגנ"ט, לבצע מחקר להערכת תכנית ה"מגנטון".
המסגרת המתודולוגית של המחקר כללה סקר עמדות בקרב החוקרים מהמוסדות האקדמיים וראשי הפרויקטים מהתעשייה שהשתתפו ב-72 פרויקטי "מגנטון" בשנים 2004-2007. על מנת לבחון אם חלו שינויים בתכנית מאז ביצוע המחקר המקדים, ואת מידת התאמת שאלון המחקר לסוגיות שברצוננו לבחון במחקר הנוכחי, נערכו 12 ראיונות עם משתתפים בשבעה פרויקטי "מגנטון" שסיימו את פעילותם. בעקבות הראיונות עודכן השאלון והופץ באמצעות תוכנת אינטרנט, ביוני 2008, למשתתפי הפרויקטים. שיעור ההחזר של השאלונים היה 70% (95 שאלונים שהוחזרו מתוך 136 שנשלחו למשתתפים).
ניתוח נתוני הסקר נעשה תוך שימוש במבחנים סטטיסטיים רלוונטיים. ממצאי המחקר כוללים את ציפיות המשתתפים מהפרויקטים, סקירת מאפייני הפרויקטים והמשתתפים בהם, ניסיון קודם של משתתפי הפרויקטים בשיתופי פעולה אקדמיה-תעשייה, מדדים להצלחת שיתוף הפעולה במהלך הפרויקטים ולאחר סיומם, מדדים להצלחת הפרויקטים ונתונים כלליים לגבי שביעות הרצון של המשתתפים, מהפרויקטים ומתכנית ה"מגנטון".
על בסיס הממצאים גובשו מסקנות והמלצות המספקות למנהלי תכנית ה"מגנטון", לקובעי המדיניות ולמקבלי ההחלטות בתכנית, תמונה מקיפה לגבי מידת היעילות והאפקטיביות שבה פועלת התכנית בהעברת טכנולוגיה מהאקדמיה לתעשייה והצעות לדרכי פעולה עתידיות.