מחקרים: סדרי עדיפות לאומית בנושאי איכות סביבה
אחד מתפקידיו של מוסד שמואל נאמן הוא לגשר בין האקדמיה, התעשייה ומקבלי ההחלטות וזאת באמצעות הנגשת מידע ישים, עדכני וידע מבוסס מחקר, לרשות מוסדות המדינה. מסמכי סדרי העדיפות הלאומית שגובשו במוסד שמואל נאמן עוסקים במגוון נושאים שחשוב להעלותם לסדר היום הציבורי.
היערכות ישראל לדיוני פוסט קיוטו והפחתת גזי חממה
מטרתה הכוללת של העבודה היא לתת בידי המשרד להגנת הסביבה כלי עזר בדיונים בישראל ובזירה הבינלאומית בעקבות ועידת קופנהגן, שנערכה בחודש דצמבר 2009, וכן לפתח תכנית יישום להפחתת פליטות גזי חממה- מבחינת כלי המדיניות, שתוף פעולה עם משרדי ממשלה אחרים וגורמים מובילים במשק הישראלי.