מחקרים: סדרי עדיפות לאומית בנושאי איכות סביבה
אחד מתפקידיו של מוסד שמואל נאמן הוא לגשר בין האקדמיה, התעשייה ומקבלי ההחלטות וזאת באמצעות הנגשת מידע ישים, עדכני וידע מבוסס מחקר, לרשות מוסדות המדינה. מסמכי סדרי העדיפות הלאומית שגובשו במוסד שמואל נאמן עוסקים במגוון נושאים שחשוב להעלותם לסדר היום הציבורי.
שיקום ים המלח: בחינת חלופות אפשריות לפתרון סוגיית שינויי המפלס
ים המלח, הים הנמוך ביותר בעולם והאגם המלוח ביותר בעולם, נתון כיום במצב של פגיעה סביבתית חמורה. שאיבות המים מהירדן, הכינרת והירמוך לישראל, ירדן וסוריה, וכן שאיבת מי ים המלח למפעלי התעשיות של ים המלח בישראל ובירדן, מצמצמות בהתמדה את אספקת המים לימה. למעשה, "נגמרו" הזרימות הטבעיות לימה. ברירת המחדל, דהיינו לא לעשות דבר ולהמשיך במסלול "עסקים כרגיל", הינה החלופה היקרה ביותר- מבחינה כלכלית וסביבתית. הנזקים הסביבתיים, נזקים לתיירות ולכבישים מוערכים ב-90 מיליון דולר לשנה.